液相色譜和氣相色譜的主要相同點在于它們都是色譜法，具有分離和分析的功能，并且都可以進行在線檢測。
然而，它們的主要差異在于它們的應用范圍和分析對象。液相色譜法不受樣品揮發性和熱穩定性的限制，只要求把樣品制成溶液即可，非常適合于分離生物大分子、離子型化合物、不穩定的天然產物以及其他各種高分子化合物等。而氣相色譜法主要用于分離氣體樣品或者容易揮發的物質。
另外，液相色譜和氣相色譜所使用的儀器和原理也有所不同。液相色譜儀由高壓輸液系統、進樣系統、分離系統、檢測系統、數據處理系統組成，主要采用高壓輸液泵、固定相、梯度洗脫技術和高靈敏度檢測器。而氣相色譜儀則主要由分離系統、檢測系統、數據處理系統組成，采用惰性氣體作為流動相。
