色譜流動相需要過濾。
過濾流動相的原因主要是為了除去流動相中的固體微粒，這些微粒可能會磨損柱塞、密封環、缸體和單向閥等。
一般來說，所有經過色譜柱的流動相均應過濾。但在實際操作中，過濾與否還與流動相的組成有關。當流動相中含有緩沖鹽時，過濾是必要的，以防緩沖鹽放置一段時間后，在使用前還需重新過濾。另外，當流動相由水或緩沖溶液與有機溶劑混合而成，且能確保水和有機溶劑的質量且沒有受到污染時，過濾并無更多實際意義。
除了流動相，所配制的樣品試液在注入流路系統前也都需要經0.45μm（0.22μm則更好）孔徑濾膜過濾，以避免濾膜溶解而造成污染。裝流動相的容器和色譜系統中的在線濾器要定期清洗和更換，以避免濾器因過載而起不到過濾作用。在進樣前應盡可能對樣品進行分離提純以除去多余雜質組分。
